细毛羊40K育种芯片由鄂尔多斯市农牧业科学研究院联合新疆畜牧科学院、乌审旗农牧局，以鄂尔多斯细毛羊为主要研究品种，同时结合新疆毛肉兼用细毛羊等品种，筛选出控制羊毛直径、产量、繁殖率等主要经济性状的功能关联位点1266个。同时利用5个品种167只细毛羊全基因组重测序数据在基因组染色体上有位点缺口（gap）区域补充遗传多态性高（次等位基因频率MAF≥0.05）的背景位点37998个。该芯片的应用将解决细毛羊优质种公羊遗传评定和利用不足、母羊繁殖力不高、优异种质资源精准鉴定相对滞后、优质高产高效新品种（系）培育进程缓慢等问题，有效促进鄂尔多斯细毛羊遗传资源保护与创新利用、优质种质资源精准鉴定及高效育种和产业健康持续发展。